دانشگاه فنرباغچه در سال ۲۰۱۶ توسط باشگاه ورزشی قدیمی فنرباغچه و "گروه پزشکی مدیکانا" که دارای تجربه گسترده‌ای در بخش مراقبت‌های بهداشتی است، تأسیس شد. این دانشگاه در سال ۲۰۱۹ با پنج دانشکده، ۱۲ بخش و ۳۹۲ دانشجو آغاز به کار کرد و به سرعت رشد کرد و تا سال ۲۰۲۱ به ۱۷ بخش، ۱۰ برنامه و ۱۱۵۰ دانشجو رسید.
این دانشگاه فرصتی برای تکمیل تحصیلات در سال آخر در ایالات متحده آمریکا فراهم می‌کند، مانند دانشگاه ایالتی مورگان، دانشگاه فیلیگان، دانشگاه ایالتی فورت هیس.
این دانشگاه فرصت‌های کارآموزی تضمین‌شده در بیمارستان‌های مدیکانا برای دانشجویان دانشگاه فراهم می‌کند.
این دانشگاه دارای یک واحد ویژه برای افراد دارای نیازهای خاص است که تحت نظر دفتر ریاست دانشگاه فعالیت می‌کند.
این دانشگاه فرصت‌های تحصیل در مقاطع تحصیلات تکمیلی در بسیاری از زمینه‌ها را ارائه می‌دهد.
